Arkadaşlar siz eğer ki desktop arayüzünüzü değiştirirken yada gui de farklı bir şey yapmaya çalışırsanız mimeinfo dosyasında değişiklik olacağı için bir uygulamaya tıkladığınızda ya açılmaz yada başka bir uygulamada açmaya başlar mesela ben HOME klasörüne tıklayınca atom da açıyor bunun sebebi mimeinfo.cache dosyasının içeriğinin değişmesinden dolayıdır.
cat /usr/share/applications/mimeinfo.cache ile dosyayı okuyabilirsiniz.
bunun için kali linuxda gnome file manager olan Nautilusu tekrardan kurmamız gerekir
sudo apt install nautilus